Inicia els seus estudis de cant a Barcelona, ampliant-los a Londres (King's College, cant i composició), a Basilea (Schola Cantorum Basiliensis, amb Dominique Vellard - «Ensemble Gilles Binchois»), on s'especialitza en música medieval i barroca i finalitza els seus estudis al costat de Nigel Rogers, Rosmarie Meister i Karin Smith (musicologia), Hans Martin Linde (direcció), i més tard amb Peter Kooy a Hannover. Interessat en la recuperació i difusió de la música barroca espanyola i italiana, crea al 1987 el «Beatus Ille Ensemble», orquestra de cambra centrada en la interpretació amb instruments originals base de la futura «Reial Companyia Òpera de Cambra» (RCOC). Amb aquesta formació ha dirigit obres d'Antonio de Literes (Los Elementos, 1992), Antonio Vivaldi (Gloria e Imeneo, La Senna Festeggiante, 1993), David Pérez (L'Olimpiade, 1994), Vicent Martín y Soler (L'Arbore di Diana, 1995-1996, Il Sogno, temporada 2000-01) Domènec Terradellas (Artaserse, Amfiteatre del Festival Grec de Barcelona 1998), Eco e Narciso de Domenico Scarlatti, «Retrat d'una compositora: Mariana Martínez», i l'òpera seria Ifigenia in Aulide de Martín y Soler. Al Maig de 2005 ha dirigit la producció i enregistrament de l'òpera Orlando de Porpora en coproducció per al Festival d'Aranjuez i el Festival de Sarrebourg-Le Couvent al costat del segell discogràfic K617. Per a la temporada 2006-2007, ha realitzat Ifigenia in Áulide de Martín y Soler, novament amb el Festival de Sarrebourg i l'enregistrament amb K617-Harmonia Mundi i Aminta, d'Antonio Mazzoni, una producció per al Festival d'Herne (Alemanya) organitzat per la WDR-3 per al qual ha estat guardonat al 2008 amb l'Orfeo d'Or, concedit per l'Acadèmia Nacional del Disc Líric de França junt al cobejat Diamant, de la revista gala Opera Magazine. Amb el llançament d'Artaserse, el primer enregistrament mundial integra d'una òpera de Domènec Terradellas, Juan Bautista Otero ha tornat ha ser guardonat per l'Acadèmia del Disc Francesa amb un nou Orfeo d'Or en la seva edició l'any 2009, convertint-se així en l'únic director espanyol que aconsegueix aquest guardó de forma consecutiva. Juan Bautista Otero dirigeix en l'actualitat un dels més interessants i complets projectes de recuperació integral del patrimoni històric espanyol de música escènica, dut a terme a través de la seva orquestra, discogràfica i editorial Real Companyia Òpera de Cambra amb seu a Barcelona. En l'actualitat està preparant el llançament internacional de 3 produccions, totes elles inèdites i els primers enregistraments mundials d'una nova òpera de Terradellas: Sesostri, re d'egitto (Roma 1751), el primer enregistrament mundial d'una selecció del corpus creatiu de Mariana Martínez: retrat d'una compositora i l'enregistrament d'Il Sogno, una de les més belles cantates escèniques del compositor Valencià Vicent Martín y Soler.