Inicia sus estudios de canto en Barcelona, ampliándolos en Londres (King's College, canto y composición), en Basilea (Schola Cantorum Basiliensis, con Dominique Vellard - «Ensemble Gilles Binchois»), en donde se especializa en música medieval y barroca y finaliza sus estudios junto a Nigel Rogers, Rosmarie Meister y Karin Smith (musicología), Hans Martin Linde (dirección), y más tarde con Peter Kooy en Hannover. Interesado en la recuperación y difusión de la música barroca española e italiana, crea en 1987 el «Beatus Ille Ensemble», orquesta de cámara centrada en la interpretación con instrumentos originales base de la futura «Real Compañía Ópera de Cámara» (RCOC). Con esta formación ha dirigido obras de Antonio de Literes (Los Elementos, 1992), Antonio Vivaldi (Gloria e Imeneo, La Senna Festeggiante, 1993), David Pérez (L'Olimpiade, 1994), Vicente Martín y Soler (L'Arbore di Diana, 1995-1996, Il Sogno, temporada 2000-01) Domènec Terradellas (Artaserse, Anfiteatro del Festival Grec de Barcelona 1998), Eco e Narciso de Domenico Scarlatti, «Retrato de una compositora: Mariana Martínez», y la ópera seria Ifigenia in Aulide de Martín y Soler. En Mayo de 2005 ha dirigido la producción y grabación de la ópera Orlando de Porpora en co-producción para el Festival de Aranjuez y el Festival de Sarrebourg-Le Couvent junto al sello discográfico K617. Para la temporada 2006-2007, ha realizado Ifigenia in Áulide de Martín y Soler, nuevamente con el Festival de Sarrebourg y grabación con K617-Harmonia Mundi y Aminta, de Antonio Mazzoni, una producción para el Festival de Herne (Alemania) organizado por la WDR-3 por la que ha sido galardonado en 2008 con el Orfeo de Oro, concedido por la Academia Nacional del Disco Lírico de Francia junto al codiciado Diamante, de la revista gala Opera Magazine. Con el lanzamiento de Artaserse, primera grabación mundial integra de una ópera de Domènec Terradellas, Juan Bautista Otero ha vuelto ha ser galardonado por la Academia del Disco Francesa con un nuevo Orfeo de Oro en su edición del año 2009, convirtiéndose así en el único director español que consigue este preciado galardón de forma consecutiva. Juan Bautista Otero dirige en la actualidad uno de los más interesantes y completos proyectos de recuperación integral del patrimonio histórico español de música escénica, llevado a cabo a través de su orquesta, discográfica y editorial Real Compañía Ópera de Cámara con sede en Barcelona. En la actualidad está preparando el lanzamiento internacional de 3 producciones, todas ellas inéditas y primeras grabaciones mundiales de una nueva ópera de Terradellas: Sesostri, re d’egitto (Roma 1751), la primera grabación mundial de una selección del corpus creativo de Mariana Martínez: retrato de una compositora y la grabación de Il Sogno, una de las más bellas cantatas escénicas del compositor Valenciano Vicente Martín y Soler.